写文章，画图，整理结果

唉唉，我咋觉得RDF修正效果不明显呢。。。。似乎在原子区域外一个截断半径内的RDF结果也不是很坏的。。。。当然RDF修正对粗粒化区域很重要。。。

发现算的结果中有点小bug，重新算中。。。。

从 RDF 入手论证

傻呼呼的写程序通过原子数涨落计算可压缩率，发现这东西微妙的很：子体系不能太大也不能太小。。。。更傻的是 grand-canonical 的论文里面已经算过了：没有RDF修正照样结果不错。。。。现在觉得应该直接从 RDF 着手说这个问题。。。

继续看 Lie 导数。。。虽然还有很多不是很明白，但觉得还是挺美妙的一个东西

Lie 导数。。。

看了几天 Lie 导数，希望通过这方面的知识对 Adress 有更深刻的理解。

RDF-TF 迭代貌似效果不错。下面验证体系各处的 fluctuation 是否正确，做几个算例。和小老板吹牛说希望年前能有个结果出来，其实离过年也就一周多一点点的时间了，压力好大。。。。

短程文章投了

我觉得铁定杯具，就看在哪杯具了，是被编辑直接退稿还是被审稿人骂的很惨。。。。

周四晚上8点找到的老板，敲定了最后有问题的地方。今天准备了一天，做graphical abstract and letter to referees。还想再读一遍但是失去耐心。。。于是投稿。。。

继续算 RDF-TF 迭代，调整了一些参数，提高计算精度，当然等待的时间也更长了，现在迭代一步有的需要近2个小时了。。。。初步看结果还不错，希望能继续不错下去，杯具了就真的杯具了，因为 hybrid region 的理论简直是根本没法做，没有 Hamiltonian 还混个猫啊。。。。。希望将来大老板能个指个路，更高级的数学工具啥啥的。。。。

下面继续傻算，写着草稿。然后看看论文吧，有几个还挺不错的貌似。还有就是看看 \Gamma-convergence 是咋回事～

CUDA 开源

2 前天 CUDA 架构宣布开源
http://developer.nvidia.com/content/cuda-platform-source-release

这让我对CUDA未来的信心大大提高，拭目以待～～

继续做有 RDF 修正的 Adress

修改了 w(x) 函数，为 RDF-TF 迭代写脚本。。。debug。。。上机算了，还没有其他进展。。。下面要测下全原子了粗粒化区域的化学势，也就是单个原子的自由能，这让我相当烦躁。。。我不知道这篇文章的稿子要写成什么样子，手潮没思路。。。。。

三级相变文章在JCP网站上放出了。嗯。总算为2011年节了一个好尾。希望2012年能有更多的文章，钢巴～～～

细胞膜文章什么时候放。。。唉唉。。。短程误差估计没投，没有物理背景的东西估计会被审稿人骂的非常惨。。。我知道物理学家对计算数学方法的偏见。。唉唉。。。。长程在写，打算投数学杂志了，做几个简单算例完事。。。紧张中。。。产量低啊。。。

我忘了上上周长程误差估计做到哪了。。。一口老血。。。。。。

每次看到主页上那张笑的这么灿烂的照片心情都会好些。灿烂乃人生病态。。。郁闷乃人生常态。。唉。。。。

对 Adress 建立严格的理论

草稿得到了 Luigi 的认可，提出用 IBI 来对 hybrid region 的 RDF 进行修正。这周 hack 了 Gromacs 的代码，实现了这个想法。。。由于自己程序中的 bug 和 VOTCA 中的 bug，进度有点受到耽误。。。

注意以后程序要测试好了再去跑。。。这么基本的事情都不记得太弱。。。测的时候尽量简单，这样能尽快看到问题进行调整。

一会去系里的圣诞聚餐了，程序跑着，希望晚上回来就能看到些结果～～

改好了 ana 的误差估计

ana的新公式要简单许多。也有新的见解在里面。

开始改技术文档吧。唉唉。。

@ @

之前的 analytical 的程序写的相当复杂。。。看不懂了。。。。

直接从ik写简化版本了。

开始猛做长程

和两个老板会谈的计划宣告失败，于是集中精力猛做长程。

做了下 adress 的证明。。

心情相当愉快。把稿子发给了 Luigi，不知道他会给什么样的评价，不知道物理是不是正确。。。小紧张中。。。。

唯一漏掉的证明的关键是在混合区域 RDF 依然正确，这个事情一点都不平凡，因为在那个区域 Hamiltonian 根本不存在。如果有稳态分布函数我也不知道到底能不能写出来，能写出来我也不知道能不能证 RDF 是否正确。。。总之什么都不知道。。

有两条路可以走：

1，从 Langevin 动力学死磕分布函数。

2，改 Adress，使之是 Hamiltonian，初步试了试，但是即使做改动已然无法证明 RDF 正确，甚至能证明在没有 thermodynamic force 的情况下，密度分布肯定做不对。

要做但是没有时间做的

1，长程误差估计，非均匀。

在做了，测试了理想体系。对实际体系没有实验

2，有相关性体系的误差估计。

Taylor 展开是一个思路，但是貌似效果不理想。需要进一步测试理论和程序

3，NFFT 应用在SPME方法中。

没动手，应该是直接就能作成的，关键在误差估计。而且还有政治上的考虑。。。

4，短程使用SPME方法加速的误差估计和参数优化。在并行机上测试。

KSM 对NAMD 做了串行测试，效果非常理想。期待并行测试。

5，误差随时间积累，及其对轨道的影响。

有初步理论结果，需要进一步加深和数值验证。关键是在什么时候精确的轨道失去意义？貌似需要混沌理论。。。

6，为 Adress 建立严格的数学基础。

这个。。。。难。。。但是非常有趣有挑战性。

见不到老板

本月初去 Ludwigshafen 开了无聊的会，之后休息了些时日。在之后忙于重投文章各种杂事——三级相变和细胞膜。。。今天没有见到老板。。心情不好

又一个大牛去了

Lisp语言的发明者，人工智能的奠基者之一，John McCarthy 23日病逝。。。

虽然不熟，但鉴于是 emacs 用户，感激并纪念一下。。

双管。。。。

想从理论上证明 Ciccoti 的理论适用于巨正则系综。。。。我觉得我能给一个很简洁的证明。。。但是对于 adress 来说难处在于没有 Hamiltonian，因此小老板很纠结的在从他认为对的方向证。。。我很难理解。。。。觉。觉得他的方法太罗嗦了，很多事情说不清楚。。。。而且我讲的他听不太懂的。。。。

模拟上觉得加C质墙壁型热浴基本是扯。。。为什么做不成我现在心理没数。。。决定试试和空间相关的 Langevian 热浴

缅怀 Dennis Ritchie

2011年10月12日，Dennis Ritchie 去世了（BBC 新闻），比起铺天盖地的 Jobs 去世的消息，他的去世显得少有人知。但是对于我，Jobs 是谁我根本不关心，因为我根本不用苹果的产品。但是我每天都在使用 Unix 系统的直系子孙 Linux，每天都在用由 C 语言编写的软件（包括 Linux），自己写程序也会使用 C/C++。没有 Dennis Ritchie 这个世界的计算机会是什么样子真的无法想象。

缅怀 Dennis Ritchie

今天见了大老板

灰常高兴，灰常高兴

perturbed MSM，据说大老板在做数学理论的文章，周末就可以弄好，说下周四能给我讲讲，但是谁知道呢。。。。下周四我做报告！！

现在的目标是从已有的MSM算出 perturbed 的 MSM，据说大老板的数学理论能够计算 perturbed projected transition operator。如果要用MD模拟进行计算，那么 Govanni 的模拟理论就需要不平凡的扩展。具体要作成什么样子最好先听听大老板的扰动理论怎么做的。

另外，Govanni 的理论到底能不能被直接推广到 Grand-canonical simulation？虽然直观看是很直接的，但是我觉得并不保险。深入的想想发现 Govanni 非平衡态模拟理论只有对 micro-canonical 系综才是显然正确的，那么对 canonical 系综呢？对 grand-canonical 呢？我觉得推广并不直接。。。突然发现一个很弱智的问题我都不明白了：什么是 canonical 系综？？精神崩溃中。。。。

为什么要做科研（想到啥写啥，不断更新）

好的地方：

1，学习很有成就感。。

2，这些数学理论真的很美。

3，鄙视 windows 用户获得愚蠢的快感。。。

4，喜欢把一个问题想清楚的感觉

5，因为提了很好的问题可以臭美半天。。。真的是半天。。。

不好的地方：

1，程序调不出暴躁易怒。

2，事情干不完压力大。。。情绪压抑。。。

3，想到很多但是都没时间做，特别有挫折感。。。

4，因为自己太笨深感挫折。。。

5，有时为没钱苦闷。。。

斯图加特

周三到周日访问斯图加特

见了 Flo 和 Christian 非常开心能看见误差估计在 Gromacs 中实现。。真正看过 Gromacs 代码才知道他们有多不容易。。。

下面看看能不能把 correlation error 算好，尤其是对水做误差估计。

没有大计算机，科研没进展。。。

明天终于能见老板啦，^_^ 很为不能常见老板苦恼。。唉。。。

今天总算把短程的文章的初稿写好了。。。。从8月底写到现在。。。速度啊速度。。。

十月十日

十十

日月

节日快乐。。。

gromacs+adress

上周。。好吧。。

gromacs + adress, 对代码有了初步的了解。。还真不是一般的混乱啊。。。。不过改改还是挺好玩的。和 seb 学到了很多。

setup 全原子heat convection flow 的模拟，还没有统计。。。

没什么思考。。。短程的文章继续写，没效率啊没效率。。。

想见大老板见不到。。。有些想法但是没法讨论。。

为什么时间过的这么快。。。感觉什么还都没做！！！疯了。。。

觉得 adress 中对能量插值再求导得到对空间依赖的项就是 thermodynamic force, 和小老板讨论瞬间就被鄙视了。。。。唉。。。。

写了三天短程论文

上吐下泻的，。。。觉得遇到了瓶颈。。。怎么读怎么觉得句子不顺，逻辑不通，表达不准确。。。还有一大堆东西要补充。。。草稿已经24页了，是不是我太罗嗦了。。。

Juelich 暑期学校。。写论文的一周。。。

Juelich 参加了长程相互作用的暑期学校，收获颇丰。。。

1，从先进的 NFFT 技术可以直接推广 P3M 和 SPME 方法，这个推广是这么直接，很多人都想到了，但是就是还没人去做。。。A. Anold 和 NFFT 的大佬。。。我很好奇会发生什么。。

2，对多重网格方法到底有多管用心里还是没数。。。记得当年 YHJ 和 L^2 比拼过，说效率上没什么差别。要公平比较需要做做误差估计。。

3，FMM 不知道在多大的体系上会超过 Ewald 算法家族。做这个方法的大哥真变态，程序一个文件写了 100,000 行。。。

回来周二，和小老板扯淡。。写cover letter，忙活报销和准备去 Stuttgart 一堆杂事总之没正事。。。周四投了三级相变的文章。。粗略读了下 Gromacs 的代码，发现还不是不能理解。。吼吼。。写 short-range 非均匀误差估计的文章，写到吐。。。

加一句：

4，L^2 告诉我 commitor 的概念是从TPT中自然的来的，看来有必要小研究一下。。

一周很短，给人的感觉很长。。。

原来是上周五 Luigi 才让我入伙的，我已经感觉入伙很久了。。。

1，周日到周二开会 Molecular Kinetics 2011。。。听的我这叫一个疲劳。。大部分报告要用 reaction coordinate，这实际上是个重要的缺陷，使得应用的范围大大缩小。这边老板的工作正好能避免这个缺陷，还是相当NB的。

2，和大小老板一起见 Cocciti，我们打算使用他们的方法。对我来说，这个方法蛮有意思，测量非平衡态性质，只需要平衡态模拟。把分布函数的动力学变成可观测量的动力学。周五和大老板讨论，大老板告诉我，未必要模拟转移概率，只要知道 core set 如何在扰动下改变就可以了。觉得这个问题好难，我现在要做的是更透彻的理解下 core set 是如何描述的。

3，和小老板说了三级相变的事情，他很有兴趣加入。。嗯，我觉得有底多了。

要发力。。。大奥周末还去办公室，真NB。。。

想想上周干了嘛。。。

1，花了三天的时间把 Macro 的论文看了，很漂亮的数学，我非常喜欢！！！

2，写短程的论文呢，痛苦。。

3，老张来催三级相变的文章了，我要加油改。wang教授的文章已经发了，我们要快。。

4，周五聊过后打算加入 Luigi 的项目。现在不清楚所谓非平衡态平均到底是些怎样的物理量。。。下面首先要读懂 Cocciti 的工作，还有对自适应方法的巨正则系综解释。。

明显的感觉体力一天不如一天，周五干脆困的差点睡着。。。咖啡也不管用。。。唉唉。。。

下面做点啥

1，周三和老板聊过了，因此要开始新的工作。先把他们的工作弄明白！！很重要。要有信心并且脑子灵活

2，筹划写写短程相互作用的论文了。

3，给老张打个电话。

4，把 analytical diff 的程序改进下：在估计平方误差的时候请忽略高频震荡，因为对结果影响不本质。

5，想想从解析表达式能得到有什么有趣的性质，对什么样的体系进行模拟，能说明什么问题。。

把误差估计的文档写了

14页公式，写的手疼。。

终于完成 analytical differetiation 的验证。。

程序一千三百多行。。。。

对测试的结果观察有问题。。

算的好慢

Analytical differentiation...

通过平均误差测试

在重新推方差误差公式。。

Analytical differentiation...

验证程序写成了一坨 shi 。。。

周日写程序就是不中。。。

SPME ik

测试通过 SPME ik，非均匀体系。

下面去做 analytical 的误差估计吧。

bug 坑死爹。。。

上午实现 SPME 的 ik 部分，把误差力的平均写好后脑抽认为应该先去验证下 Ewald sum 的这部分结果。于是一个下午都在 debug 中。。。。怎么调怎么发现我的估计是所有粒子都是正电荷的结果，但是显然不对啊，因为一半正一半负的。。。最后发现是 Ewald sum 的程序的电荷赋值有个 bug。。坑爹啊，一个下午啊。。。这从侧面说明误差估计的有多准

一个月过去了干成了哪些

0，done

1，写出了 Ewald sum 和 SPME ik 的误差估计，计算量的阶为 N log N。昨天数值验证了 Ewald sum。现在在写 ik 的验证程序。analytical 完全类似，但是我想先验证了 ik 再来做 analytical。

2，done

3，done

看来在多一吃帝国清心寡欲效率还挺高。。。

想想该干什么事情

0，做动态短程非均匀体系的模拟例子。比如两个液滴碰撞。

1，做静电、非均匀体系的误差估计。现在这个东西思路很不好。。。貌似对homo的误差计算开销要达到 O(N^3)，对hetero误差的计算开销要达到 O(N^2)。成这样一点应用的价值都没有。。。原因大概是：对e^{2\pi i mr} 的项可以用FFT，但是对误差，就像对结构因子，是没有快速算法的。悲催啊悲催，有招吗。。。。

2，看看 GASSER 为什么不能在2.3版CUDA编译。。。为啥类。。。

默认编译器是 gcc 4.6。在 -ccbin 选项上指定一个包含 gcc 4.3 的目录就可以了。是编译器版本的问题。。。

3，为 GASSER 实现 SPME，钢巴

a new start

集中精神，新的开始。