non eq msm 验证程序基本完成

今天 de 掉了一个 bug。。貌似程序没啥问题了，在算，等着看结果。。

这两天效率严重低下，没怎么读书，人傻掉了。。。希望将来几天能有所改观。。。唉。。。

围观paper machine 有感

真的很能发啊，这帮人。。。

从肚子里的货来说，俺的水准差的真令人不安。。。

开始写 non eq msm 的验证程序了。

先最简单的平衡态体系。考虑了下单位问题。用 Euler 格式实现。写了分布统计程序。想了想扰动应该怎么加，时间尺度问题。

发现在格式上有不少改进空间。

很多问题很迷惑

看随机分析，以及SDE数值格式的各种书。。。明白了一些，问题更多了。。。。比如 backward propagator 和 L^(\mu) 空间中的 propagator 为什么在形式上是一样的，能证明么。。。。。我觉得这应该是一个很弱智的问题啊。。。还有数值格式，弱收敛的控制常数，和时间 T 相关，这个东西就非常不好嘛。。。。等于没有证明数值格式是对的啊。。。

非平衡态模拟能跑 tip4p 了，明天打算做一下 oplsaa 力场，然后和文献比较一下。。。。。

俺。。。真的很无知啊。。。。

把有扰动的 Langevin 方程的相关公式推了。。。发现自己真的很无知，对随机分析知道的这么少。。。唉。。。

这几天一直在艰难的看书。。。貌似也没有特别好的资料。。。

氢键分析程序完毕

经过4天的开发，氢键分析程序完成。。。

实在的说，问题解决的并不漂亮。。。心里其实比较忐忑。。。或许有更漂亮简单的算法，1天就能实现？我这3天就耽误了啊。。。。唉。。。。

整整一天都在写一个代码

就是那个分析氢键组成多边形的代码。。。貌似很久都没有一天写一个代码不干别的事情了。。。灰常疲劳啊。。。。

写到一半发现这个问题其实非常复杂。。。。比如如果两个多边形有两块共同的边，肿么办。。。。更多的共同的边呢。。。。

期间烦躁的刷邮箱。。。JCTC还是没有动静，不给分配编辑。。。看来这次又要编辑直接据了。。。能不能不这么打击我啊。。。尼玛。。。

分析氢键。。

和大老板讨论了一下最近对非平衡态MSM的想法，被肯定了，被教导了一番不变测度的唯一性的问题，让我大为惊讶。。。还有许多文献要读啊。。。。。时间啊时间。。。

做非平衡态 AdResS 的分析工具的准备，其中有一个是找氢键组成的多边形。。。。离散数学问题，俺没做过啊。。。算法想了好久，貌似终于想通。今天开始写实现，用到了树结构。。。。感到算法和数据结构貌似没有白学。。。。。程序进展很慢。。郁闷啊。。

于是，好久没做科学了。。。。

这周连投了三篇文章。。上吐下泻啊我。。。。

周一第一篇 AdResS 的 rdf 修正 JCTC。周二短程误差估计 PRE，今天周三长程误差估计 JCTC。

这个短程误差估计真是极品了：这已经是第四次投。。。大老板说，如果这次再不行，并且长程的中了的话，我们就需要大改文章，然后往数学的杂志上投了。。。。想想就心寒。。。这个东西投到不同杂志得到的反馈和我们最开始的期望简直是大相径庭。。。。真的搞不清楚这其中的鸡毛。。。。说来第一次投稿是 2011年12月17日，已经耽误了半年。。。。他给我带来的是一次又一次的挫折，连我都开始怀疑起自己做学问的口味了。。。。。是不是我做的真的路子不对。。。。。。要知道，比起做错了什么，或是什么东西不懂，学问的品味出了岔子是严重的多的问题。。。。。。。所以这是最后的挣扎，如果再次失败就是悲催的结局啊。。。。。。。。。

和 Luigi 做的 AdResS 的理论最近进展非常不错，从物理的角度来看，这已经是一个接近“严格”的证明了，至少我觉得能自己说服自己。这样说算是一个小小的阶段性成果。。。。。至于接下来的改进我认为就是分析清楚 HY 区域体系的性质。。。这个谈何容易。。。。。。。据说大老板的证明接近做好了。。。。。AdResS 是某个能量的极小。。。我非常好奇是怎么弄出来的。。。。。。猛然感觉我的学问做的真不数学啊。。。。。。尽是些雕虫小技。。。。。没救了没救了。。。。

感觉自己好久都没有做科学了，不停的忙着投稿什么的。。。。还有写文章改文章啥的都很耽误时间。。。。。在做非平衡态模拟的文献准备了。。。。业余在看老李当年应用随机的笔记，但是很疲劳无法集中精力。。。。。唉。。。。。老了老了。。。。。。