文章最后还是投JCP了。。。因为JCC只能提供两页免费彩页。。。为了避免更多麻烦决定JCP。。。 感觉投稿投的真的非常疲惫,我们的哲学是把所有这个领域的杂志都试试。。。唉。。。看运气能不能碰到合适的审稿人。。。被运气摆布的滋味真不好受。。。。。
看到了做 P3M 的 stagger 网格的文章,精度似乎能高出一个量级。。。郁闷啊郁闷。。。SPME 貌似这下拼不过了。。。唉。。。。
2012年2月27日星期一
2012年2月25日星期六
长程的新想法
看 Staggered Mesh Ewald 的文章,对长程又有了新想法。。。。
1,self interaction 项实际上是不依赖于任何电荷位置,因此可以作为先验的误差修正项,对力进行修正,会减小1/3左右的误差。
2,所谓 Staggered Mesh Ewald 方法,对 analytical-diff 做的 StME,误差最高阶项实际上和 ik-differentiation 是一样的。这个应该还是个挺让人吃惊的结果。鉴于 ik-diff 做4次 FFT,StME 是 2x2 次 FFT,因此,ik-diff 和 StME 速度是一样的,或许 StME 还差些,因为做电荷分布的时候 StME 要慢(经验看大约1.2倍)。
3,文章说了一堆 StME 比 analytical-diff 强至少一个量级,实际上是他们的参数选的不好,至少在效率上不是最好的,在最优参数附近,我相信这两种方法差距应该不会太大。
又有一堆事情做。。。做不过来。。。郁闷。。。啊。。。。。
1,self interaction 项实际上是不依赖于任何电荷位置,因此可以作为先验的误差修正项,对力进行修正,会减小1/3左右的误差。
2,所谓 Staggered Mesh Ewald 方法,对 analytical-diff 做的 StME,误差最高阶项实际上和 ik-differentiation 是一样的。这个应该还是个挺让人吃惊的结果。鉴于 ik-diff 做4次 FFT,StME 是 2x2 次 FFT,因此,ik-diff 和 StME 速度是一样的,或许 StME 还差些,因为做电荷分布的时候 StME 要慢(经验看大约1.2倍)。
3,文章说了一堆 StME 比 analytical-diff 强至少一个量级,实际上是他们的参数选的不好,至少在效率上不是最好的,在最优参数附近,我相信这两种方法差距应该不会太大。
又有一堆事情做。。。做不过来。。。郁闷。。。啊。。。。。
2012年2月23日星期四
2012年2月15日星期三
2012年2月8日星期三
短程文章。。。
审稿结果下来了。。。
虽然评价还行,但是审稿人要求做所谓“真实体系”,这实在要花很多时间,而且并不是我们想在这篇文章中做的事情。
和大老板聊过决定不和这帮人废话了,转投别的杂志。。。初步选定JCC。。。
工作无法得到物化领域人的理解,非常郁闷。。。做学问根本不是一个思路啊。。。
但是,但是,当把所有的误差估计都做好的时候,要做 gromacs 实现,然后是一个NB无比的应用工作,让所有质疑我们的人无话可说。。。任重而道远啊。。。应用前景如何。。我心理也没底啊。。。
虽然评价还行,但是审稿人要求做所谓“真实体系”,这实在要花很多时间,而且并不是我们想在这篇文章中做的事情。
和大老板聊过决定不和这帮人废话了,转投别的杂志。。。初步选定JCC。。。
工作无法得到物化领域人的理解,非常郁闷。。。做学问根本不是一个思路啊。。。
但是,但是,当把所有的误差估计都做好的时候,要做 gromacs 实现,然后是一个NB无比的应用工作,让所有质疑我们的人无话可说。。。任重而道远啊。。。应用前景如何。。我心理也没底啊。。。
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