写文章，画图，整理结果

唉唉，我咋觉得RDF修正效果不明显呢。。。。似乎在原子区域外一个截断半径内的RDF结果也不是很坏的。。。。当然RDF修正对粗粒化区域很重要。。。

发现算的结果中有点小bug，重新算中。。。。

从 RDF 入手论证

傻呼呼的写程序通过原子数涨落计算可压缩率，发现这东西微妙的很：子体系不能太大也不能太小。。。。更傻的是 grand-canonical 的论文里面已经算过了：没有RDF修正照样结果不错。。。。现在觉得应该直接从 RDF 着手说这个问题。。。

继续看 Lie 导数。。。虽然还有很多不是很明白，但觉得还是挺美妙的一个东西

Lie 导数。。。

看了几天 Lie 导数，希望通过这方面的知识对 Adress 有更深刻的理解。

RDF-TF 迭代貌似效果不错。下面验证体系各处的 fluctuation 是否正确，做几个算例。和小老板吹牛说希望年前能有个结果出来，其实离过年也就一周多一点点的时间了，压力好大。。。。

短程文章投了

我觉得铁定杯具，就看在哪杯具了，是被编辑直接退稿还是被审稿人骂的很惨。。。。

周四晚上8点找到的老板，敲定了最后有问题的地方。今天准备了一天，做graphical abstract and letter to referees。还想再读一遍但是失去耐心。。。于是投稿。。。

继续算 RDF-TF 迭代，调整了一些参数，提高计算精度，当然等待的时间也更长了，现在迭代一步有的需要近2个小时了。。。。初步看结果还不错，希望能继续不错下去，杯具了就真的杯具了，因为 hybrid region 的理论简直是根本没法做，没有 Hamiltonian 还混个猫啊。。。。。希望将来大老板能个指个路，更高级的数学工具啥啥的。。。。

下面继续傻算，写着草稿。然后看看论文吧，有几个还挺不错的貌似。还有就是看看 \Gamma-convergence 是咋回事～

CUDA 开源

2 前天 CUDA 架构宣布开源
http://developer.nvidia.com/content/cuda-platform-source-release

这让我对CUDA未来的信心大大提高，拭目以待～～

继续做有 RDF 修正的 Adress

修改了 w(x) 函数，为 RDF-TF 迭代写脚本。。。debug。。。上机算了，还没有其他进展。。。下面要测下全原子了粗粒化区域的化学势，也就是单个原子的自由能，这让我相当烦躁。。。我不知道这篇文章的稿子要写成什么样子，手潮没思路。。。。。

三级相变文章在JCP网站上放出了。嗯。总算为2011年节了一个好尾。希望2012年能有更多的文章，钢巴～～～

细胞膜文章什么时候放。。。唉唉。。。短程误差估计没投，没有物理背景的东西估计会被审稿人骂的非常惨。。。我知道物理学家对计算数学方法的偏见。。唉唉。。。。长程在写，打算投数学杂志了，做几个简单算例完事。。。紧张中。。。产量低啊。。。

我忘了上上周长程误差估计做到哪了。。。一口老血。。。。。。

每次看到主页上那张笑的这么灿烂的照片心情都会好些。灿烂乃人生病态。。。郁闷乃人生常态。。唉。。。。

对 Adress 建立严格的理论

草稿得到了 Luigi 的认可，提出用 IBI 来对 hybrid region 的 RDF 进行修正。这周 hack 了 Gromacs 的代码，实现了这个想法。。。由于自己程序中的 bug 和 VOTCA 中的 bug，进度有点受到耽误。。。

注意以后程序要测试好了再去跑。。。这么基本的事情都不记得太弱。。。测的时候尽量简单，这样能尽快看到问题进行调整。

一会去系里的圣诞聚餐了，程序跑着，希望晚上回来就能看到些结果～～

改好了 ana 的误差估计

ana的新公式要简单许多。也有新的见解在里面。

开始改技术文档吧。唉唉。。

@ @

之前的 analytical 的程序写的相当复杂。。。看不懂了。。。。

直接从ik写简化版本了。