一堆破事

长程文章又改了一遍，发给大老板了。。。

签证签的非常不爽。。。。。

细胞膜文章接收。。。不容易啊，fight 了一年。。。。11年4月26日投的稿。。。。

今天很累。。。没咋干事。。。颓。。。

长程文章完稿，上吐下泻

第一稿终于写完了，看到这论文即发生严重生理不适。。。。

说来，做出这个文章中的东西，也是我长久以来的一个梦想啊。。。梦想变成现实，说来应该高兴才对。。。。但是想到接下来的几个月还要把这文章改N遍，忍受审稿人的各种心理生理折磨。。。我就一点都乐不起来。。。。。。。。

今天和小老板扯淡，学术界的一个悲催事实就是：人家评价你做的东西的好坏不是基于对你东西的理解，而是基于你这个东西能发到什么样的杂志上。。。虽然悲催。。但是真的没法改变。。。。要想生存，想有教职，就要学会变通。。。。于是他鼓励我要发几篇 JCTC。。。。想到 VB 这帮人在上面发文章和审稿人打了10个月的嘴仗，我心里这个寒啊。。。。。。。

居然完成了。。。。

居然做完了 ik 和 ana 的最近邻居修正。。。比想象中的快很多啊。吼吼

崩溃。。。

把文章的结论部分写了，但是发现，为了逻辑完整，要为 SPME 的 ik- and analytical diff- 做最近邻居修正。。。这公式写起来太猥琐了。。。。程序编起来一定更猥琐。。。。擦。。。。

打算重新改一下文章。。。因为发现核心定理应该能对更广泛的情况，即 K(r1,r2) 证明，而不仅是 K(r1-r2)。这样写 ik- 和 analytical 的证明的时候能省许多力气。

现在心情非常烦躁。。。 这件事情已经折腾了那么久，而且越折腾零碎越多。。。唉。。。。这说明什么？ 智商有限！！！总是不能一下考虑好所有事情，总是干到一半修修补补。。。真烦躁。。。

长程论文。。上吐下泻

自从周日做出了那个最近邻居修正，一周都在奋力的写长程论文。。。上吐下泻啊上吐下泻。。。并且非常的没有效率。。。今天总算写出了个样子，还差摘要、引言、结论、附录。。。这。。。差的还是相当的多啊。。。。

在经历了短短几天的兴奋后，现在陷入严重的自我怀疑。。。。。觉得做的这个东西非常非常的弱智。。。。。唉。。。。

期间想了想非平衡态的 MSM，觉得似乎可以从线性相应理论入手，但是大概推了下又觉得没有思路了。。。晕啊晕。。。感觉思维很混乱，大概是线性相应理论没有掌握好。。。要脑残志坚，嗯。。。

我觉得小老板的想法太疯狂了：人为限定全原子区域的分子个数。。。理论上怎么觉得这么奇怪啊。。。我了个去。。。。

说我们做水做不准的家伙可以闭嘴了

3.3--10.3 winter seminar....

去的火车上在考虑了一下怎么把成键 H O 的相互作用去掉，现在的算法虽然不完美但是还好算跑的动了。

作为副产品，发现其实SPME的计算量阶可以从 O(NlogN) 降低到 O(N)，代价是前面的系数是 O(n^6)。 天下没有免费的午餐，不过这么做对并行实现其实非常有益，或许哪天可以试试的。

在 Saas-Grund 用两天时间为所有的算法除去了 H O 相互作用，算法行为变正常了些，但是距离一个质量良好的误差估计尚有距离。

真正的突破在回来的火车上：为水引入了最近邻居修正。对于现在使用的水模型，H-O-H 是刚性链接的，因此他们之间的相互关联（correlation）其实是非常强的。发现其实可以把这部分 correlation error 显示的写出来，用同样为 O(NlogN) 的算法进行计算。今天晚上把这个想法实现了一下，效果灰常不错。这样说我们做水做不准的家伙终于可以闭嘴了，误差估计NB！！！！！

大改长程文章

发现 Staggered Mesh Ewald 对 ik 的精度其实也有提高，虽然很小很小。

发现 Ewald 的 direct part 和 reciprocal part 以及 Staggered Mesh Ewald 能够统一用一个定理描述，于是决定大改文章。增加定理之后感觉文章的脉络清晰多了。Staggered Mesh Ewald 用我们的误差估计描述一点都不难，那些现象学的研究可以被本质性的提升了。