最优控制 + 化学势 双双崩溃中。。。。

最优控制终于算好了一维和一维线性变化的例子。。。许久没有做这样的数值了，感觉有些生疏。。。。另外 MD 真是慢。。。butane 还是有差距，在想到底是什么原因。。


化学势崩溃中。。。设计了几个“重水”，之前的理论发现严重不靠谱。。。木有什么新思路。做几个疯狂的算例看看，比如：
1，1，1
16，16，16
16，16，1
16，16，0.1

开始最优控制研究

上周四找老板谈过话，开始最优控制的研究。

最初想造一个 butane 的体系。发现运行的并不好。其实，降维后，\gamma 和 \sigma 在约化后的体系中要重新定义。

是不是又要杯具。。。

methanol 混合体系的结果非常诡异。。。决定在水的体系中，改变氢的质量为16试试看，同样结果诡异。。。。认为是在混合区域体系或许是因为自由度变化没有完全达到平衡所致。现在试算 taut=0.01，也就是小之前10倍的参数，初步结果果然不一样。收敛性有待验证。其中原因值得深入思考！

德国物理学春季会议

本周在 Regensburg 参加德国物理学春季会议。感觉收获还是很大的：领域相关的包括 Maxwell demon 那个报告；非平衡态统计以及气象中稀有事件的统计的邀请报告。还有一大堆领域不相关的报告：财富、观点、人口的动力学之类的，各种听各种有趣。有一类报告基本是某个学科的综述，越能够深入浅出，让外行人也能明白其中的妙处。另外的报告过分关注细节，不是专家无法体察其中的新意，基本上听两句就听丢了。。。 觉得自己参加这个物理学会议，最能欣赏的还是和统计物理相关的报告。对于具体体系的物理性质之类完全无法欣赏。。。

碰到了各种熟人，包括柏林这边学物理的同志，斯图加特和美因茨的大老板。。。

周四下午在 Regensburg 转了转，题图是Regensburg 标志性的中世纪石桥和DOM。最后来个亮点图吧。。。

methanol 混合体系开始计算

开始计算 methanol + 水的混合体系了。

今天在爱丁堡，回想起从莱顿会议到现在自己的学术到底有多少成绩，恐怕只有化学势计算这一项了。

非平衡态研究进展不顺利：感觉没有找到合适的体系，现有的模拟做出来也不知道结果应该怎么解释。。。我觉得现在有必要写一写总结报告，以便找到问题。

响应理论在 alanine 体系上还在尝试中，目前觉得正解在于相关长度。另外或许可以尝试更容易些的体系，其中观测量依赖所有原子坐标。比如考察水中 dipole moment 及其相关性在电场环境下的情况。。。计算量需求巨大，现有计算机资源严重不足。。。

Methane 化学势计算。。。

gromacs 开发者的效率很好，很快就解决了 bug。

开始用 AdResS 计算化学势，经验值不足，走了些弯路，快一周的时间得到的数值是 12 kJ/mol，离文献值 9.8 还有一定距离。现在看密度收敛还不是非常完美，再算算看。

扰动理论还是没啥思路，算一个假设溶剂和溶质完全解耦的算例看看，我想提高计算精度的一个可行途径是利用相关性的局部性质。这个还需要更进一步的分析。

重新看了一下 Langevin 的数值格式，既然扰动和速度无关就可以应用EVE的格式了。这个格式有二阶精度，定义是观测量的期望在经典的意义下定义误差。

gromacs 4.6 除虫

发现老版本 gromacs 在算混合体系的时候 th force 的实现有bug， 不过这个 2011年年底的版本已经不被支持了，于是转向最新的 gromacs 4.6 的 beta 版。发现同样的 bug，定位并提出解决方案后提交开发者。 并且定位 vsite 实现的一个bug。。。CJ 的bug修正速度非常了得。后者被认为只有在vsite 和单原子重合的时候才会发生

之后发现更严重的bug，让我严重怀疑他们在做 adress 实现的时候是否经过了测试：EX 区域的密度根本不对。今天发现问题出在找邻居：有些粗粒化的位点，及时两个分子都在EX区域，也被收进邻居表，进而被计算受力，这是不对的。修改应该很简单，但是我想到的办法一点都不漂亮，就交给开发者研究研究吧。。

今天听到了一些新闻，有些学术界的事情真令人瞠目结舌，当学术被金钱驱动，还能保证纯洁嘛？ 貌似真是个永恒的难题。

下周想想为什么相应理论在MD体系里面玩不转。。

审稿无结果。精神焦虑

干活精神恍惚。。。。

计算混合体积化学势。

非平衡 MD 问题非常不明确，感觉无法进展。

文章重投，化学势问题取得进展。终于可以开始好好做学问了！！

文章第二次审稿，人家问我们能不能算化学势。。。很好，该来的还是会来的！

说来从发现问题到现在已经三个月了，这个一直没有被做动的问题现在看来是理论还不完备：热浴带走了由于非没有守恒量而在体系中产生的额外的热量，这部分没有被考虑进去。。。。发展了从 H address 计算化学势的方法，因为这个里面有能量守恒，所以无论如何可以写配分函数，得到靠谱的理论。并且，我们能够得到 H address 和传统 address 的关系。试试上从数值上证明了H address 和传统 address 的等价性。。。

但是依然还有一些问题：首先，从不同CG模型算出的化学势还不是非常一致，虽然误差只有大约 2kJ/mol，但是应该查明问题在哪。现在觉得可能是体系在 hy 区域不能得到很好的平衡态的缘故，因为有的自由度只是非常非常弱的和其他的自由度耦合。

==
尼玛。。。。有日子没碰，之前对MSM 的理解很多都不记得了！！！

小老板很难说服。。。精疲力尽中。。。