审稿意见，非平衡态新方向

16 日审稿意见放出。 和小老板商量后觉得好好回复还是有希望发表的。首先提纯了三体相关函数。另外打算用 TPI 做对比来说我们的方法好。我觉得这样做其实很不专业！

21 日见过大老板之后，决定先把理论文章弄出来，alanine 的算例问题比较多，需要日后仔细研究。

化学势需要开始思考了。我觉得是个非常有意义的方向。现在的计划是先用 flexible 水模型算一下看看，以避免 constrain 在数学上的麻烦。

打算计算一下 alanine

上周 4 (8日) 和 本周 2 (13日) 见过老板，决定把响应理论在 alanine 上面用一下。gromacs 代码修改完毕，但是发现相应项的噪声非常打。。简单的例子里面 branch了 1e6 条轨道。alanine 现在只能 branch 2e4 条轨道。。。。当然，代码或许还有问题。过许选取的数值格式不能产生 Ito意义下的轨道。。。这些问题都还需要更仔细的考虑。

what you need is a larger box...

开始计算 alanine dipeptide 了。。。

盒子太小做NPT模拟的时候死掉。。。

暴力计算平衡态，现在的轨道是 20 ns，取10000帧，发现最后的平稳分布还是和初始状态有关。算一个100ns 的试试，帧数太高存储吃不消啊。。。

理论上有一些思考：如果是直接研究非平衡态动力学貌似是不可能的。因为不同时间下的算子不可换，因此平衡态的处理方式就行不通了。。貌似可以考虑：

1，用分段常数扰动 relax 的动力学代替原连续的动力学。每一段都可以用标准的 MSM 处理。需要考虑这样近似之后在怎样的条件下近似动力学能收敛到原动力学。每段的时间尺度的选取应该满足在 metastable state 中能满足充分 relax。这时候可以用到之前的相应理论来计算分段的 core sets 和 转移概率。误差怎么估计？有一些想法，觉得或许还是可行的。

2，直接的相应理论应用，还没有思考过。。