gromacs 开发者的效率很好,很快就解决了 bug。
开始用 AdResS 计算化学势,经验值不足,走了些弯路,快一周的时间得到的数值是 12 kJ/mol,离文献值 9.8 还有一定距离。现在看密度收敛还不是非常完美,再算算看。
扰动理论还是没啥思路,算一个假设溶剂和溶质完全解耦的算例看看,我想提高计算精度的一个可行途径是利用相关性的局部性质。这个还需要更进一步的分析。
重新看了一下 Langevin 的数值格式,既然扰动和速度无关就可以应用EVE的格式了。这个格式有二阶精度,定义是观测量的期望在经典的意义下定义误差。