gromacs 4.6 除虫

发现老版本 gromacs 在算混合体系的时候 th force 的实现有bug， 不过这个 2011年年底的版本已经不被支持了，于是转向最新的 gromacs 4.6 的 beta 版。发现同样的 bug，定位并提出解决方案后提交开发者。 并且定位 vsite 实现的一个bug。。。CJ 的bug修正速度非常了得。后者被认为只有在vsite 和单原子重合的时候才会发生

之后发现更严重的bug，让我严重怀疑他们在做 adress 实现的时候是否经过了测试：EX 区域的密度根本不对。今天发现问题出在找邻居：有些粗粒化的位点，及时两个分子都在EX区域，也被收进邻居表，进而被计算受力，这是不对的。修改应该很简单，但是我想到的办法一点都不漂亮，就交给开发者研究研究吧。。

今天听到了一些新闻，有些学术界的事情真令人瞠目结舌，当学术被金钱驱动，还能保证纯洁嘛？ 貌似真是个永恒的难题。

下周想想为什么相应理论在MD体系里面玩不转。。

审稿无结果。精神焦虑

干活精神恍惚。。。。

计算混合体积化学势。

非平衡 MD 问题非常不明确，感觉无法进展。

文章重投，化学势问题取得进展。终于可以开始好好做学问了！！

文章第二次审稿，人家问我们能不能算化学势。。。很好，该来的还是会来的！

说来从发现问题到现在已经三个月了，这个一直没有被做动的问题现在看来是理论还不完备：热浴带走了由于非没有守恒量而在体系中产生的额外的热量，这部分没有被考虑进去。。。。发展了从 H address 计算化学势的方法，因为这个里面有能量守恒，所以无论如何可以写配分函数，得到靠谱的理论。并且，我们能够得到 H address 和传统 address 的关系。试试上从数值上证明了H address 和传统 address 的等价性。。。

但是依然还有一些问题：首先，从不同CG模型算出的化学势还不是非常一致，虽然误差只有大约 2kJ/mol，但是应该查明问题在哪。现在觉得可能是体系在 hy 区域不能得到很好的平衡态的缘故，因为有的自由度只是非常非常弱的和其他的自由度耦合。

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尼玛。。。。有日子没碰，之前对MSM 的理解很多都不记得了！！！

小老板很难说服。。。精疲力尽中。。。