审稿意见，非平衡态新方向

16 日审稿意见放出。 和小老板商量后觉得好好回复还是有希望发表的。首先提纯了三体相关函数。另外打算用 TPI 做对比来说我们的方法好。我觉得这样做其实很不专业！

21 日见过大老板之后，决定先把理论文章弄出来，alanine 的算例问题比较多，需要日后仔细研究。

化学势需要开始思考了。我觉得是个非常有意义的方向。现在的计划是先用 flexible 水模型算一下看看，以避免 constrain 在数学上的麻烦。

打算计算一下 alanine

上周 4 (8日) 和 本周 2 (13日) 见过老板，决定把响应理论在 alanine 上面用一下。gromacs 代码修改完毕，但是发现相应项的噪声非常打。。简单的例子里面 branch了 1e6 条轨道。alanine 现在只能 branch 2e4 条轨道。。。。当然，代码或许还有问题。过许选取的数值格式不能产生 Ito意义下的轨道。。。这些问题都还需要更仔细的考虑。

what you need is a larger box...

开始计算 alanine dipeptide 了。。。

盒子太小做NPT模拟的时候死掉。。。

暴力计算平衡态，现在的轨道是 20 ns，取10000帧，发现最后的平稳分布还是和初始状态有关。算一个100ns 的试试，帧数太高存储吃不消啊。。。

理论上有一些思考：如果是直接研究非平衡态动力学貌似是不可能的。因为不同时间下的算子不可换，因此平衡态的处理方式就行不通了。。貌似可以考虑：

1，用分段常数扰动 relax 的动力学代替原连续的动力学。每一段都可以用标准的 MSM 处理。需要考虑这样近似之后在怎样的条件下近似动力学能收敛到原动力学。每段的时间尺度的选取应该满足在 metastable state 中能满足充分 relax。这时候可以用到之前的相应理论来计算分段的 core sets 和 转移概率。误差怎么估计？有一些想法，觉得或许还是可行的。

2，直接的相应理论应用，还没有思考过。。

非平衡态体系——暴力计算与 MSM

在做非平衡态体系的文献准备。发现之前对 MSM 的理解非常不深刻。或者说想不起来自己之前是怎么理解的了。。。。Leiden 会议对我提供了新的观点。现在再来看 MSM 就有了新思路。

Marco 写了非平衡态体系 commitor 如何计算。似乎是非常理论的工作，不过其中的定义对我很有启发。

终于有点理解大老板的终极目标了：对非平衡态体系建立 MSM，用约化的动力学代替原体系的动力学。觉得这件事情是可以做的了。 至少暴力计算是有思路的，至于怎么做 MSM 约化需要对MSM做更好的理解，然后推公式！

文章投了

自适应理论分析文章投 PRX 了。。。。好运。。。。

化学势依然无进展。。和CH聊过后更迷惑了。。。

化学势无进展，开始修炼微分流形。。。。

化学势还是毫无进展。考虑了很多可能，但是还是找不到原因。 大概还有几个方面不是很清楚，可以考虑：

1，对于有约束体系，配分函数到底怎么写？
2，TPI 貌似还不能很好的收敛。测试这样的体系：比较两个全原子体系的压强差和自由能差。
3，Gaia 坏了。。。没效率！！！！

非平衡态由于 gaia 的问题进展缓慢。。。

化学势计算，结果诡异。。。

周一貌似小老板被我忽悠动了，打算用 adress 算算化学势。。。但是现在结果非常诡异。。。。。。大概比正确数值小了3倍。。不知道这是不是出于某种巧合。。。。

对于结果各种解释不能，这两天各种讨论都没有什么积极结果。。。算些新例子看看。。。

写文章，非平衡态模拟缓慢进行中，寄希望于大老板

AdResS 理论文章终于接近完成。小老板确实能写啊，哈哈～～ 加上了 WCA 的例子，而决定不再另发文章。

非平衡态模拟进行中。发现能量守恒对于非平衡态模拟非常重要，直接决定 dynamics 是否正确。局部热浴的方式看上去是对的。需要验证更大的体系，计算开销是一个问题，初步估计最大的体系算一个扰动参数需要大约38天。。。啊。。。1/10年啊。。。参照体系就是全原子的，NVE的，体积很大的模拟结果。所谓“体积很大”是要检验收敛性的～～

大老板说是帮忙写相应理论的文章。。。不知道他有没有时间。。。我们真的需要更快了。。。唉。。揪心啊。。。

WCA 和非平衡态新想法

WCA 实验成功，发现 g^3 在 HY I 结果有明显区别。

非平衡态模拟关键是提出合适的边界条件。在全原子区域足够大时吸收边界条件就应该可以。写代码做验证，嗯。

内分泌失调，效率低下，调整中

看了 Mori-Zwanzig 理论，觉得过许会对非平衡态模拟中怎么加热浴有所启发。。MZ理论要有使用价值需要时间尺度上的分离，即快慢变量。对于非平衡态体系，估计是空间上的分离（谈不上尺度）。有特征相关长度应该能决定一些比较好的短程性质，看看能不能用。。。

一个新的证明

今天完成了一个新的证明，觉得还是一个比较重要的理论结果：

观察量 的系综平均误差，能够近似写成 力误差的反向流和 观察量的自相关函数的积分。

这个东西至少解决了一个长期困扰我的问题：力的误差到底对观察量的误差有什么影响？至少今天的结果提供了一个在线性近似下的公式，自我感觉还是很不错的，哈哈，曾经认为最困难的问题也小有进展！！！！

另外这个东西或许能够解释线性相应系数的统计误差，大概就是说 力误差的反向流 的相关函数要在 原系统轨道抽样上显著。 这只是初步的想法，要看大老板的意见。 老板老板你快读读这个东西啊～～～～

莱顿 开会。。。

发现有人和我们做非平衡态MSM的东西做的一模一样，只不过通过不同的方式。。。。。这让我非常震惊。

觉得什么是非平衡态动力学缺乏明确定义，这也是会上大家争论不清楚的地方。。。自适应现在做的工作估计都要重新考虑。。。。

PRE production office 非常有效率

赞一下。

继续为长程文章头疼。。。。改着改着发现有个公式都写错了。。擦。。幸好在附录中并且不影响最后结论。。。。这态度不科学啊。。。。。觉得当时写这个文章太不认真，很多地方写的很让人难以理解。。。唉。。。写过之后还是要认真读读啊。。。中间做过的大改动其实很破坏文章结构的。

和小老板聊了聊，发现 AdResS 的理论真难做。。。觉得自己智力在这方面实在太有限。。。数学工具掌握的很烂。。。顿感非常悲凉。。。打算测测三体相关函数。。。

一些失败的思考，proof

这周一直在思考对于 AdResS 那个理论中的有关条件概率的结论如何严格的证明。 产生了各种各样的想法，从最开始的路径积分到后来的 FP 方程。但是貌似都不是很成功，没法很明确的说明结论。。。

得到的教训是，有想法一定要赶快的算算，验证下！因为想法不一定是对的，如果错了还要想新的思路。因此，有想法不马上验证就是浪费时间浪费生命！今后一定杜绝。

非平衡态 MSM 算了些结果，但是由于周三网络挂断，严重影响了进度。。从现在看，二阶相应的统计误差太大，不是很实用。非平衡态的相应理论还是很好用的，效果相当理想。

长程和短程的 proof 出了，周五.
1，长程的题目都被人改了。。。。
2，排版巨难看。。。
3，我现在觉得公式太多。。。。不是说公式数量和引用数量成反比嘛。。。而且定理的证明放在文中显得特别难看。。。。啊。。。改怎么办。。。和人家说么。。。

验证程序完成

de 掉几个 bug 之后貌似结果没什么问题了。但是发现二阶修正的统计误差非常大。天下真是没有免费的午餐。。。。现在的结果还不足以说二阶修正效果会更好，有赖于暴力计算的结果。。。今天把能存储相应信息的程序搞定了。嗯。

非线性，非平衡态响应理论

公式推完，发现有不少限制

程序做好了，算了算，发现对线性修正貌似没啥问题了。。。。但是噪音巨大。。。灰常大。。。看不见信号啊。。。。。尼玛

傻算吧，嗯。

内分泌不是很正常。。。唉。。。

为什么感觉这几天没怎么做事？ 我的硬盘呢？？？？

感觉这几天没怎么做事。。或许是情绪抑郁惹得祸。。。真的没做事情啊。。。。

发文章不能太滥，要知道自己肚子里的货实在有限，一有机会就要拼命丰富自己！！！要做好消费和生产关系的平衡！！！

查了下记录发现是5月2日定的硬盘，居然尼玛现在还没到货！！！！三个月了特么效率呢？？？？？硬盘啊！要不然没法算啊。。。。开始还以这个接口拖拖小老板，但是发现现在自己也开始急了。。。。多一吃帝国的效率真不是一般低。。。。

别人提的关于误差估计的很好的建议

1，可以研究一下 John Weeks 的工作，看看他的思路是什么。应该能为短程的的LFC发展出类似平均场的理论。

2，长程第一个审稿人提的，对长程作用的截断算法做做类似的误差分析，看看这类方法在什么时候好使什么时候不好使。

今天这两坨都接收了。。。

非平衡态新想法，短程意见回复

非平衡态有了新想法：其实我们不用做线性相应，用路径积分的方法直接干出精确解！！当然统计误差肯定会变大！

这就带来了这么几个问题：
1，统计误差怎么衡量？平衡态的时候看两个分布的差别，现在两个轨道分布的差别怎么定义？
2，时间方向的相关性在这里面肯定有讲究，对误差怎么影响？怎么退化到经典的线性相应理论？
3，平衡态有很多高效抽样法，非平衡态怎么实现？——如何引入对轨道系综的有效抽样？时间方向的压缩/延伸/高温会对抽样效率带来怎样的影响？ 如何自适应的抽样？
4，熵的诅咒怎么解决？怎么用到Adress？

短程文章的回复意见交了。虽然并没有多少工作要做，但是还是忙活了一天。。没效率啊。。。。。。

验证程序完成

貌似公式没啥问题，算是松了一口气，哈哈～～

我觉得我还能做的更快，魔豆魔豆。。。

路径积分真是个神奇的东西。。。

推了两天公式，写出了之前公式推导中漏掉的项。这个东西按照传统的线性相应理论写在计算上是没法算的。。把同样的事情再从路径积分的角度写了一遍，这项就能算了。所以真的很神奇。。。。Markovian 过程，Fokker-Planck 方程，路径积分，一个东西的三种表述。非常和谐。。

前阵子把路径积分的书看了，物理书果然用 K- 意义写随机积分。。非常不适应。感觉结论没什么特别的地方。。 用了下 Laplace 定理还挺有意思的。还有 Feyman-Kac 公式。。显示的算了几个路径积分，技巧非常牛B。。。。我觉得其中很多分析都是笔头上能算的，对于计算来说要处理问题需要从另外的角度出发。。相比起来还是更喜欢铁军哥的讲义，吼吼～～～

中心极限定理真的是深刻的不行。。。嗯。。。

杯具。。。

今天发现公式推导一个问题。。。T算子实际上应该是时间相关的。。。。这样以前整体的思路就错掉了。。。。杯具。。。

长程的回复意见今天提交了。。嗯。。等有信了回短程文章。

回复意见完成。。产能低下。。。

完成长程回复意见，发给两个大佬过目中。。。。

短程文章出了结果，直接两个正面意见。。。。人品爆发了啊。。。我去。。。。。请大家吃饭积攒人品。。

产能低下是个大问题。。。效率啊效率。。。

小老板修改的文章还没看。。。

和大老板聊了非平衡态的手稿，想法被赞赏了一下，被要求这周之内做出算例。。我了个擦。。。。产能啊产能！！！！！ 感觉压力巨大非常疲劳。。。

回复审稿意见中

长程文章意见回复中。。。。感觉要做的事情非常多。

从周二干到现在仅仅是小有眉目，离完成还差的远。

非平衡态统计物理

最近进展相当快啊，即使是热熔这样的基本概念从平衡态推广到非平衡态也是2011年的事情。。。。

这样看来从算法和误差分析角度我们应该有不少事情可以做的。。嗯

路径积分这东西太TM漂亮了

感叹一下

非平衡态线性响应理论中灰常有用啊

非平衡态线性相应理论。。。

线性相应理论在上周末有了初步的验证结果：成功。大扰动时偏差明显。

发现了最近几年发展的 非平衡态线性相应理论，估摸着或许是一个改进方法。。。试图读懂论文但是被一堆名词轰翻了。。。。entropy production, energy dissipation, fluctuation relation, non-equilibrium activity..... 翻文献发现这20年来在非平衡态统计物理上的巨大进展。。。于是读文献以及文献的文献。。。。。非常晕。。。觉得还是没有对这方面的工作有一个很好的了解。。。。领域发展太快，很多结果还没有写进教科书。。。。即使是08年的 review 也觉得过时。。。。这潭水真的很深。。。。灰常NB的样子。。。。。

non eq msm 验证程序基本完成

今天 de 掉了一个 bug。。貌似程序没啥问题了，在算，等着看结果。。

这两天效率严重低下，没怎么读书，人傻掉了。。。希望将来几天能有所改观。。。唉。。。

围观paper machine 有感

真的很能发啊，这帮人。。。

从肚子里的货来说，俺的水准差的真令人不安。。。

开始写 non eq msm 的验证程序了。

先最简单的平衡态体系。考虑了下单位问题。用 Euler 格式实现。写了分布统计程序。想了想扰动应该怎么加，时间尺度问题。

发现在格式上有不少改进空间。

很多问题很迷惑

看随机分析，以及SDE数值格式的各种书。。。明白了一些，问题更多了。。。。比如 backward propagator 和 L^(\mu) 空间中的 propagator 为什么在形式上是一样的，能证明么。。。。。我觉得这应该是一个很弱智的问题啊。。。还有数值格式，弱收敛的控制常数，和时间 T 相关，这个东西就非常不好嘛。。。。等于没有证明数值格式是对的啊。。。

非平衡态模拟能跑 tip4p 了，明天打算做一下 oplsaa 力场，然后和文献比较一下。。。。。

俺。。。真的很无知啊。。。。

把有扰动的 Langevin 方程的相关公式推了。。。发现自己真的很无知，对随机分析知道的这么少。。。唉。。。

这几天一直在艰难的看书。。。貌似也没有特别好的资料。。。

氢键分析程序完毕

经过4天的开发，氢键分析程序完成。。。

实在的说，问题解决的并不漂亮。。。心里其实比较忐忑。。。或许有更漂亮简单的算法，1天就能实现？我这3天就耽误了啊。。。。唉。。。。

整整一天都在写一个代码

就是那个分析氢键组成多边形的代码。。。貌似很久都没有一天写一个代码不干别的事情了。。。灰常疲劳啊。。。。

写到一半发现这个问题其实非常复杂。。。。比如如果两个多边形有两块共同的边，肿么办。。。。更多的共同的边呢。。。。

期间烦躁的刷邮箱。。。JCTC还是没有动静，不给分配编辑。。。看来这次又要编辑直接据了。。。能不能不这么打击我啊。。。尼玛。。。

分析氢键。。

和大老板讨论了一下最近对非平衡态MSM的想法，被肯定了，被教导了一番不变测度的唯一性的问题，让我大为惊讶。。。还有许多文献要读啊。。。。。时间啊时间。。。

做非平衡态 AdResS 的分析工具的准备，其中有一个是找氢键组成的多边形。。。。离散数学问题，俺没做过啊。。。算法想了好久，貌似终于想通。今天开始写实现，用到了树结构。。。。感到算法和数据结构貌似没有白学。。。。。程序进展很慢。。郁闷啊。。

于是，好久没做科学了。。。。

这周连投了三篇文章。。上吐下泻啊我。。。。

周一第一篇 AdResS 的 rdf 修正 JCTC。周二短程误差估计 PRE，今天周三长程误差估计 JCTC。

这个短程误差估计真是极品了：这已经是第四次投。。。大老板说，如果这次再不行，并且长程的中了的话，我们就需要大改文章，然后往数学的杂志上投了。。。。想想就心寒。。。这个东西投到不同杂志得到的反馈和我们最开始的期望简直是大相径庭。。。。真的搞不清楚这其中的鸡毛。。。。说来第一次投稿是 2011年12月17日，已经耽误了半年。。。。他给我带来的是一次又一次的挫折，连我都开始怀疑起自己做学问的口味了。。。。。是不是我做的真的路子不对。。。。。。要知道，比起做错了什么，或是什么东西不懂，学问的品味出了岔子是严重的多的问题。。。。。。。所以这是最后的挣扎，如果再次失败就是悲催的结局啊。。。。。。。。。

和 Luigi 做的 AdResS 的理论最近进展非常不错，从物理的角度来看，这已经是一个接近“严格”的证明了，至少我觉得能自己说服自己。这样说算是一个小小的阶段性成果。。。。。至于接下来的改进我认为就是分析清楚 HY 区域体系的性质。。。这个谈何容易。。。。。。。据说大老板的证明接近做好了。。。。。AdResS 是某个能量的极小。。。我非常好奇是怎么弄出来的。。。。。。猛然感觉我的学问做的真不数学啊。。。。。。尽是些雕虫小技。。。。。没救了没救了。。。。

感觉自己好久都没有做科学了，不停的忙着投稿什么的。。。。还有写文章改文章啥的都很耽误时间。。。。。在做非平衡态模拟的文献准备了。。。。业余在看老李当年应用随机的笔记，但是很疲劳无法集中精力。。。。。唉。。。。。老了老了。。。。。。

UCSB 以及最新进展

4月22日到柏林。。。时差现在还没有倒过来，每天早上5-6点就醒，继续睡会觉得缺觉。。。浑身疼。。。。 

UCSB 进展如下：
1，决定和别人一起做P3M的误差估计，他们不着急我也用不着着急，吼吼
2，重新写了下AdResS的证明，发现以前的版本还是有点问题。。。。证明了 F_th 的积分实际上就是两种解析度模型化学势的差。这个证明做的还是挺好的。 

去UCSB之前做的理论准备全尼玛忘了啊。。。。昨天回头重新补的。。。。今天做了下在线性响应模型下 core set 的理论。不知道对不对。。。貌似计算上也不是很方便。。。唉。。。

我觉得即使在 AdResS 体系中有线性差值都 Hamiltonian，也得不到任何有用的结论。配分函数太尼玛复杂了啊。。。。渐进展开个毛啊。。。

准备做非平衡态的测试了，体系选的是甲烷在水中的溶解，研究对氢键网络的影响。。。

这周。。。

有点记不清自己在做什么了。。。。画了不只一张图。。。然后Luigi的文章完成了。。。

和Carsten聊过，觉得能在ADRESS理论上做点什么。。。

复习了下渐进展开的理论。。。希望能用上。。。

准备去USA。。。

一堆破事

长程文章又改了一遍，发给大老板了。。。

签证签的非常不爽。。。。。

细胞膜文章接收。。。不容易啊，fight 了一年。。。。11年4月26日投的稿。。。。

今天很累。。。没咋干事。。。颓。。。

长程文章完稿，上吐下泻

第一稿终于写完了，看到这论文即发生严重生理不适。。。。

说来，做出这个文章中的东西，也是我长久以来的一个梦想啊。。。梦想变成现实，说来应该高兴才对。。。。但是想到接下来的几个月还要把这文章改N遍，忍受审稿人的各种心理生理折磨。。。我就一点都乐不起来。。。。。。。。

今天和小老板扯淡，学术界的一个悲催事实就是：人家评价你做的东西的好坏不是基于对你东西的理解，而是基于你这个东西能发到什么样的杂志上。。。虽然悲催。。但是真的没法改变。。。。要想生存，想有教职，就要学会变通。。。。于是他鼓励我要发几篇 JCTC。。。。想到 VB 这帮人在上面发文章和审稿人打了10个月的嘴仗，我心里这个寒啊。。。。。。。

居然完成了。。。。

居然做完了 ik 和 ana 的最近邻居修正。。。比想象中的快很多啊。吼吼

崩溃。。。

把文章的结论部分写了，但是发现，为了逻辑完整，要为 SPME 的 ik- and analytical diff- 做最近邻居修正。。。这公式写起来太猥琐了。。。。程序编起来一定更猥琐。。。。擦。。。。

打算重新改一下文章。。。因为发现核心定理应该能对更广泛的情况，即 K(r1,r2) 证明，而不仅是 K(r1-r2)。这样写 ik- 和 analytical 的证明的时候能省许多力气。

现在心情非常烦躁。。。 这件事情已经折腾了那么久，而且越折腾零碎越多。。。唉。。。。这说明什么？ 智商有限！！！总是不能一下考虑好所有事情，总是干到一半修修补补。。。真烦躁。。。

长程论文。。上吐下泻

自从周日做出了那个最近邻居修正，一周都在奋力的写长程论文。。。上吐下泻啊上吐下泻。。。并且非常的没有效率。。。今天总算写出了个样子，还差摘要、引言、结论、附录。。。这。。。差的还是相当的多啊。。。。

在经历了短短几天的兴奋后，现在陷入严重的自我怀疑。。。。。觉得做的这个东西非常非常的弱智。。。。。唉。。。。

期间想了想非平衡态的 MSM，觉得似乎可以从线性相应理论入手，但是大概推了下又觉得没有思路了。。。晕啊晕。。。感觉思维很混乱，大概是线性相应理论没有掌握好。。。要脑残志坚，嗯。。。

我觉得小老板的想法太疯狂了：人为限定全原子区域的分子个数。。。理论上怎么觉得这么奇怪啊。。。我了个去。。。。

说我们做水做不准的家伙可以闭嘴了

3.3--10.3 winter seminar....

去的火车上在考虑了一下怎么把成键 H O 的相互作用去掉，现在的算法虽然不完美但是还好算跑的动了。

作为副产品，发现其实SPME的计算量阶可以从 O(NlogN) 降低到 O(N)，代价是前面的系数是 O(n^6)。 天下没有免费的午餐，不过这么做对并行实现其实非常有益，或许哪天可以试试的。

在 Saas-Grund 用两天时间为所有的算法除去了 H O 相互作用，算法行为变正常了些，但是距离一个质量良好的误差估计尚有距离。

真正的突破在回来的火车上：为水引入了最近邻居修正。对于现在使用的水模型，H-O-H 是刚性链接的，因此他们之间的相互关联（correlation）其实是非常强的。发现其实可以把这部分 correlation error 显示的写出来，用同样为 O(NlogN) 的算法进行计算。今天晚上把这个想法实现了一下，效果灰常不错。这样说我们做水做不准的家伙终于可以闭嘴了，误差估计NB！！！！！

大改长程文章

发现 Staggered Mesh Ewald 对 ik 的精度其实也有提高，虽然很小很小。

发现 Ewald 的 direct part 和 reciprocal part 以及 Staggered Mesh Ewald 能够统一用一个定理描述，于是决定大改文章。增加定理之后感觉文章的脉络清晰多了。Staggered Mesh Ewald 用我们的误差估计描述一点都不难，那些现象学的研究可以被本质性的提升了。

投 JCP

文章最后还是投JCP了。。。因为JCC只能提供两页免费彩页。。。为了避免更多麻烦决定JCP。。。 感觉投稿投的真的非常疲惫，我们的哲学是把所有这个领域的杂志都试试。。。唉。。。看运气能不能碰到合适的审稿人。。。被运气摆布的滋味真不好受。。。。。

看到了做 P3M 的 stagger 网格的文章，精度似乎能高出一个量级。。。郁闷啊郁闷。。。SPME 貌似这下拼不过了。。。唉。。。。

长程的新想法

看 Staggered Mesh Ewald 的文章，对长程又有了新想法。。。。

1，self interaction 项实际上是不依赖于任何电荷位置，因此可以作为先验的误差修正项，对力进行修正，会减小1/3左右的误差。

2，所谓 Staggered Mesh Ewald 方法，对 analytical-diff 做的 StME，误差最高阶项实际上和 ik-differentiation 是一样的。这个应该还是个挺让人吃惊的结果。鉴于 ik-diff 做4次 FFT，StME 是 2x2 次 FFT，因此，ik-diff 和 StME 速度是一样的，或许 StME 还差些，因为做电荷分布的时候 StME 要慢（经验看大约1.2倍）。

3，文章说了一堆 StME 比 analytical-diff 强至少一个量级，实际上是他们的参数选的不好，至少在效率上不是最好的，在最优参数附近，我相信这两种方法差距应该不会太大。

又有一堆事情做。。。做不过来。。。郁闷。。。啊。。。。。

文章被退，人生完整

JCTC 完整了我的人生。。。。人家文章审都没审就给我退了。。。

唉。。。值得纪念的一天。。。

run.sh 写的就是一坨屎。。。

先弄 cg.sh 然后在回来改它。。。

中国政治坐标系测试（2012版）

结果如下。

政治立场坐标
1

文化立场坐标
0.6

经济立场坐标
1.2

短程文章。。。

审稿结果下来了。。。

虽然评价还行，但是审稿人要求做所谓“真实体系”，这实在要花很多时间，而且并不是我们想在这篇文章中做的事情。

和大老板聊过决定不和这帮人废话了，转投别的杂志。。。初步选定JCC。。。

工作无法得到物化领域人的理解，非常郁闷。。。做学问根本不是一个思路啊。。。

但是，但是，当把所有的误差估计都做好的时候，要做 gromacs 实现，然后是一个NB无比的应用工作，让所有质疑我们的人无话可说。。。任重而道远啊。。。应用前景如何。。我心理也没底啊。。。

openbox + pypanel + conky + gsimplecal

新桌面，嗯。