2011年11月29日星期二

开始猛做长程

和两个老板会谈的计划宣告失败,于是集中精力猛做长程。

2011年11月24日星期四

做了下 adress 的证明。。

心情相当愉快。把稿子发给了 Luigi,不知道他会给什么样的评价,不知道物理是不是正确。。。小紧张中。。。。

唯一漏掉的证明的关键是在混合区域 RDF 依然正确,这个事情一点都不平凡,因为在那个区域 Hamiltonian 根本不存在。如果有稳态分布函数我也不知道到底能不能写出来,能写出来我也不知道能不能证 RDF 是否正确。。。总之什么都不知道。。

有两条路可以走:
1,从 Langevin 动力学死磕分布函数。
2,改 Adress,使之是 Hamiltonian,初步试了试,但是即使做改动已然无法证明 RDF 正确,甚至能证明在没有 thermodynamic force 的情况下,密度分布肯定做不对。

2011年11月16日星期三

要做但是没有时间做的

1,长程误差估计,非均匀。
在做了,测试了理想体系。对实际体系没有实验

2,有相关性体系的误差估计。
Taylor 展开是一个思路,但是貌似效果不理想。需要进一步测试理论和程序

3,NFFT 应用在SPME方法中。
没动手,应该是直接就能作成的,关键在误差估计。而且还有政治上的考虑。。。

4,短程使用SPME方法加速的误差估计和参数优化。在并行机上测试。
KSM 对NAMD 做了串行测试,效果非常理想。期待并行测试。

5,误差随时间积累,及其对轨道的影响。
有初步理论结果,需要进一步加深和数值验证。关键是在什么时候精确的轨道失去意义?貌似需要混沌理论。。。

6,为 Adress 建立严格的数学基础。
这个。。。。难。。。但是非常有趣有挑战性。

2011年11月14日星期一

见不到老板

本月初去 Ludwigshafen 开了无聊的会,之后休息了些时日。在之后忙于重投文章各种杂事——三级相变和细胞膜。。。今天没有见到老板。。心情不好