2012年3月11日星期日

说我们做水做不准的家伙可以闭嘴了

3.3--10.3 winter seminar....

去的火车上在考虑了一下怎么把成键 H O 的相互作用去掉,现在的算法虽然不完美但是还好算跑的动了。

作为副产品,发现其实SPME的计算量阶可以从 O(NlogN) 降低到 O(N),代价是前面的系数是 O(n^6)。 天下没有免费的午餐,不过这么做对并行实现其实非常有益,或许哪天可以试试的。

在 Saas-Grund 用两天时间为所有的算法除去了 H O 相互作用,算法行为变正常了些,但是距离一个质量良好的误差估计尚有距离。

真正的突破在回来的火车上:为水引入了最近邻居修正。对于现在使用的水模型,H-O-H 是刚性链接的,因此他们之间的相互关联(correlation)其实是非常强的。发现其实可以把这部分 correlation error 显示的写出来,用同样为 O(NlogN) 的算法进行计算。今天晚上把这个想法实现了一下,效果灰常不错。这样说我们做水做不准的家伙终于可以闭嘴了,误差估计NB!!!!!

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