what you need is a larger box...

开始计算 alanine dipeptide 了。。。

盒子太小做NPT模拟的时候死掉。。。

暴力计算平衡态，现在的轨道是 20 ns，取10000帧，发现最后的平稳分布还是和初始状态有关。算一个100ns 的试试，帧数太高存储吃不消啊。。。

理论上有一些思考：如果是直接研究非平衡态动力学貌似是不可能的。因为不同时间下的算子不可换，因此平衡态的处理方式就行不通了。。貌似可以考虑：

1，用分段常数扰动 relax 的动力学代替原连续的动力学。每一段都可以用标准的 MSM 处理。需要考虑这样近似之后在怎样的条件下近似动力学能收敛到原动力学。每段的时间尺度的选取应该满足在 metastable state 中能满足充分 relax。这时候可以用到之前的相应理论来计算分段的 core sets 和 转移概率。误差怎么估计？有一些想法，觉得或许还是可行的。

2，直接的相应理论应用，还没有思考过。。