gromacs 4.6 除虫

发现老版本 gromacs 在算混合体系的时候 th force 的实现有bug， 不过这个 2011年年底的版本已经不被支持了，于是转向最新的 gromacs 4.6 的 beta 版。发现同样的 bug，定位并提出解决方案后提交开发者。 并且定位 vsite 实现的一个bug。。。CJ 的bug修正速度非常了得。后者被认为只有在vsite 和单原子重合的时候才会发生

之后发现更严重的bug，让我严重怀疑他们在做 adress 实现的时候是否经过了测试：EX 区域的密度根本不对。今天发现问题出在找邻居：有些粗粒化的位点，及时两个分子都在EX区域，也被收进邻居表，进而被计算受力，这是不对的。修改应该很简单，但是我想到的办法一点都不漂亮，就交给开发者研究研究吧。。

今天听到了一些新闻，有些学术界的事情真令人瞠目结舌，当学术被金钱驱动，还能保证纯洁嘛？ 貌似真是个永恒的难题。

下周想想为什么相应理论在MD体系里面玩不转。。